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南科大优势专业有：物理学、光电信息科学与工程、数学与应用数学、理论与应用力学、生物医学工程。

南科大共获批五个国家级一流本科专业建设点：

物理学、光电信息科学与工程、数学与应用数学、理论与应用力学、生物医学工程;

八个省级一流本科专业建设点：

通信工程、材料科学与工程、环境科学与工程、微电子科学与工程、生物科学、计算机科学与技术、机械工程、化学。

一级学科点：

数学、物理学、化学、生物学、力学、地球物理学、电子科学与技术、材料科学与工程八个硕士学位授权一级学科点。

材料与化工、金融、电子信息、机械、资源与环境、生物与医药、临床医学七个硕士专业学位授权类别。